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导师的意思我觉得也不一定是绝对的，实验方法总是可以讨论的。
首先是确定方法的类别和你所需要的蛋白定量精度
除非你的目标蛋白有些特殊的生化性质，比如说是个酶什么的，否则，只能要么分离样品，要么用免疫学的方法。
然后，你是只需要半定量地了解大致浓度还是要比较准确的定量。
就分离样品然后测定而言，SDS-PAGE扫描灰度分析很简单，对设备仪器要求也低，但是只是一种半定量方法，不能精确定量。我没用过斑竹提及的AKATA，不过也许液相色谱的原理应该都差不多，如果你的蛋白体系比较简单，蛋白种类比较少的话，可以考虑用HPLC来测，这个相对比较简单经济，定量也准，但需要一定的设备和预试验。
免疫学方法无论如何就是抗体抗原反应，在一锅粥里面检测某种特定蛋白的含量。elisa在免疫学方法里面算是比较简单和常用的定量方法了，如果实验室钱多的花不完的话可以直接买现成的试剂盒，最省事，不行的话也可以自己包被。放免法其实个人觉得只有比ELISA更麻烦，我个人觉得能不用放射性元素就不要用。
