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【求助】LC-ESI-MS/MS和seldi的选择
【求助】LC-ESI-MS/MS和seldi的选择
刚刚看了以前的帖子，但是对于这两个技术还是在云里雾里。我准备用expression pathology 的kit提微切割后组织蛋白,比较两组之间的差异。但是一来蛋白很少，二来蛋白用kit提了之后是酶解过的，适用于LC-ESI-MS/MS或者seldi. 但是看了半天还是有很多不明白阿:
1. 这两种方法哪种好呢?
2. 酶解之后蛋白是一段一段的, 不像2D那样直观的知道两组有什么不同，可以把差异点取出来。那么（1）如何知道是什么蛋白呢？, 是通过分子量告诉我们还是直接就是一段段蛋白的氨基酸链序列呢？（2）这些链多已经断裂，是不是要拿氨基酸链的信息通过DNA blast那样的程序去确认呢？（3）这两种方法能否告诉我们蛋白质的量呢？如果能的话，一个蛋白质被分解成了几条链，是否看其中一条特异链的量就够了呢？（4）如何判断试验是否成功？（5）结果判读是否很麻烦？会不会变成有太多的信息要分析，太多的肽链要比对，成为一项工作量很大的工作呢？（6）这两种方法对蛋白的大小，丰度都有没有什么限制？（7）做过LC-ESI-Ms/MS之后还要做蛋白测序吗？（7） 一般需要做多少次预试验才可以作正式试验呢？每次上样量有多少？因为我用的是显微切割的组织，好难切，太费时间了，所以要精确估计。（8）送样是不是会很麻烦呢（液体）？如何送样？在路上会不会降解呢？（9）国内那些地方可以做呢？
刚刚接触这个领域，有太多的不懂，看了上面的傻问题，请各位大虾笑我之余也帮下我。盼着各位的回复！谢谢先！
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最新回复
jujuba (2014-3-07 17:09:45)
LC-ESI-MS-MS的全称是Liquid chromatography electrospray ionisation tandem mass spectrometry 也就是液相色谱电离串联质谱，我们实验室有一台， 是Micromass Q-Tof, 原理是在MS -MS过程中的MS - 1 采用了四极质谱过滤器，只允许分析物中我们感兴趣的离子（以下红色的）通过。然后他们进入碰撞池（其中氩气是碰撞破碎分析物）然后所谓的子离子，然后进入第二个飞行时间质谱（MS - 2 ）进行分离和检测。
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jujuba (2014-3-07 17:14:17)
至于SELDI技术是由CIPHERGEN公司开发出来的， 该公司现在已经倒闭了! SELDI与蛋白质芯片相结合的技术火了一段时间， 号称能够很迅速的对一些疾病和肿瘤进行早期诊断。SELDI的灵敏度和分辨率都不能和和LC-MS/MS相比。此方法的优点是对于样本的复杂程度耐受性比较高， 并且能够直接对血清样本进行简单处理后就进行分析， 如下图大家可以看到左侧图谱有几个明显的差异峰。
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jujuba (2014-3-07 17:14:36)
至于楼主所说的用LCM切割后的样本，如果楼主不直接用KIT提取并且酶解的话， 我建议你采用2D-DIGE的方法来寻找你的样本之间的差异蛋白（见下图的技术路线）希望能够对楼主的试验设计提供有益的思路。
至于采用全部酶解的样本来做差异蛋白质组的分析的话， 那你需要对你的样本进行标记为好， 比如说与Itraq技术相结合， 然后进LCQ分析， 这里我推荐上海生化所附属的对外服务公司做的很不错，因为有着扎实的技术支持（公司名叫什么不记得了）
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kuohao17 (2014-3-07 17:15:00)
看出来了，楼上很推崇DIGE技术！哈哈
kuohao17 (2014-3-07 17:15:29)
我没有做过seldi，但印象中好像都是做蛋白，楼主已经把蛋白切了，就失去很多特性了，不知道还适用不？
还有就是你既然选择了expression pathology ，看来是要高通量了，seldi或者maldi技术不太适用，还是选择lcmsms
jujuba (2014-3-07 17:16:05)
QUOTE:
楼上战友说的也对也不对， DIGE技术确实有它的优点， 但是我个人并不用此种技术，因为我所在的实验室有强大的多种质谱支持。 但是DIGE对于一些新进入蛋白质组学领域的实验室来说， 是一直观并且相对低成本的实验手段。 而且它是拥有内标的双向电泳， 对于一些已经有电泳经验的实验室来说， 上手比较快。
目前最好的技术当然还是非胶系统的的各种定量方法与高通量的串联质谱相结合的技术来进行蛋白质组学研究， 比如说iTRAQ技术，虽然相对DIGE来说便宜也兼容性好， 但是这毕竟是要有价值几百万的质谱支持的。
kuohao17 (2014-3-07 17:16:42)
wanglaoshi (2014-3-07 17:17:23)
【求助】LC-ESI-MS/MS和seldi的选择