【求助】组织蛋白做2D混样好吗

最新回复

• memory (2014-3-31 16:15:20)

  
  才20个样品.一个一个做吧.如果每个样品做3个replicate的话,那么要做60个2-DE,这样可以考虑混样处理,不过不推荐.

• hustwb (2014-3-31 16:15:41)

  
  如果资金很海的话，建议你做DIGE，既可以按因素进行分类后混样做，而且在分析时可比性会很好，并且不用跑很多的胶，省时，省力。

• tianmei001 (2014-3-31 16:15:59)

  
  DIGE是什么意思啊，望明示，见笑了

• mimili_901 (2014-3-31 16:16:20)

  
  再请教下，我做的是临床病人组织，混样以后混不混丢掉很多临床信息，最后分析结果的时候不太好？

• u234 (2014-3-31 16:16:56)

  
  2d-DIGE，简单的说就是采用cy3,cy5来标记不同的样品，在同一块胶上跑。

• tuuu2 (2014-3-31 16:31:16)

  
  定量蛋白质组如果走2DE的路线的话，
  DIGE优于普通2DE
  原因在于DIGE(差异凝胶电泳)在多个电泳凝胶间引入一个相同的内标，一定程度上解决了2DE凝胶重复性差的问题
  其步骤主要为：
  1. 建立内标，一般为所有样本的等量混合
  2.标记蛋白，将内标以荧光染料cy2标记，将待测样本用荧光染料cy3或者cy5标记
  3. 每块电泳胶上可以放3个不同的染料标记的样本，包括一个内标，一个cy3标记的样本，一个cy5标记的样本
  4.进行平行的2DE凝胶电泳，最多可同时平行进行12块凝胶电泳
  5.用荧光扫描仪扫描凝胶，cy2，cy3，cy5染料各以不同波长的激光激发后发出不同波长的荧光，荧光强度与蛋白点丰度相关，由于内标cy2的存在，不同胶之间的样本定量可以用标记该样本的染料的信号值与cy2信号值的比值来统一，即认为胶与胶之间不存在重复性方面的差异
  6.用decyder软件进行图像分析以及统计分析，确定差异点和差异倍数
  7.蛋白鉴定
  具体可以参考附件中节选自DIGE说明书，也可以去GE网站上看
  从发表的文章来看，个体样本的标记要优于混合样本的标记
  20个样本，个体标记的话，标记一次的话跑10块胶，重复一次就是20块胶
  每个DIGE 试剂盒是12块胶，ms大概2~3万的价格...

• mimili_901 (2014-3-31 16:32:15)

  20个样本，个体标记的话，标记一次的话跑10块胶，重复一次就是20块胶
  每个DIGE 试剂盒是12块胶，ms大概2~3万的价格...
  
  ========================================================================================
  
  请问照这个意思的话，是不是做DIGE的话每个样本重复两块胶就够了（当然是在每个胶结果都不错的前提下）？

• gemei0115 (2014-3-31 16:32:46)

  请问照这个意思的话，是不是做DIGE的话每个样本重复两块胶就够了（当然是在每个胶结果都不错的前提下）？
  
  ==============================================================================================================
  
  不一定的，看你的实验设计对重复次数的要求了，
  有很多文章是每个样本只跑一次的，这是属于生物学重复
  也有报道把每组的样本混合起来，多跑几块胶的，这是实验重复
  如果你每个样本多跑几块胶，就是生物学重复加实验重复，这个最严格，呵呵
  设计越严格，结果越有说服力，但工作量和耗材就要翻番了
  建议你开始实验之前至少看30篇以上关于DIGE的文献，MCP、PROTEOMICS、JPR上有很多发表的文章
  上海生科院和北京蛋白质组研究中心都有定量蛋白质组相关技术及服务的网页，也建议你浏览一下，也不一定要走DIGE 路线，其它技术路线也有DIGE 不可比拟的优越性

• mimili_901 (2014-3-31 16:34:04)

  QUOTE:

  原帖由 gemei0115 于 2014-3-31 16:32 发表
  请问照这个意思的话，是不是做DIGE的话每个样本重复两块胶就够了（当然是在每个胶结果都不错的前提下）？
  
  ============================================================================================================ ...

  是啊 我就是看了挺多文章以后，发现不同的文章有不同的实验设计重复数（而且好像对发文章的高低也没太多影响），就不知道自己该怎么重复。
  我想20个样本，一个一个做（如果蛋白够的话，如果不够就只能几个混了），我们实验室有银染的技术，这样应该可以吧？
  另外，能不能比较一下各个技术的优越性啊？如果不考虑钱的问题？

• ending (2014-3-31 16:34:31)

  
  你的对照组有吗？是多少例？做DIGE的话将实验组与对照组总例数除以2就是需要做DIGE的胶块数。还是比较省事的，就是代价很高。但结果要比普通2D好，更可信。

• mimili_901 (2014-3-31 16:35:11)

  QUOTE:

  原帖由 ending 于 2014-3-31 16:34 发表
  
  你的对照组有吗？是多少例？做DIGE的话将实验组与对照组总例数除以2就是需要做DIGE的胶块数。还是比较省事的，就是代价很高。但结果要比普通2D好，更可信。 ...

  有对照组的，和实验组相同的例数。你的意思是不是指每个样品单独跑胶，一个实验和一个对照跑一块胶上，每个样品跑一次？