【求助】TCA-丙酮沉淀后如何调PH值呢?

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【求助】TCA-丙酮沉淀后如何调PH值呢?
我的蛋白用TCA-丙酮沉淀后,发现加溴酚蓝就会是黄黄的颜色,这说明TCA没有去除干净。这时候应该怎么调PH呢?用多大浓度的NAOH?加多少体积呢?还有就是,加了NAOH调PH以后,不是会在样品里面带入新的离子吗?那沉淀除盐的意义又在哪里呢?我的样品用于跑双向的。
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  • greenbee (2014-4-19 17:36:38)


    我的蛋白也是用TCA沉淀的,如果TCA未除干净,溶液是偏绿的颜色,黄黄的我倒没遇见,可能是你TCA残留太多了吧.
    没做过双向,但是TCA不除净肯定对电泳有影响的,主要是拖尾,拖的厉害的时候会拱起个小峰,
    至于加NAOH调PH,我个人不建议,因为挺烦的,而且不好调.
    其实TCA很容易除去,关键是用acetone洗涤的时候要沉淀块打碎洗,洗三次,足够的,
  • BUK (2014-4-19 17:36:57)

    我做酵母表达上清TCA的时候也遇到过LZ的这种情况
    分析原因,可能有两种:
    1、TCA残留过多,但是每次跑胶影响倒不是太大,加到PAGE加样空以后会把pH缓冲回来,颜色也回到正常蓝色
    2、酵母表达的话,可能是染菌,我发现我做的同一批TCA沉淀,绝大部分发黄的,那种金黄色,EP管底总是有一坨白色的絮状东西,SDS-PAGE后确认是染菌的。而正常的酵母上清沉淀是一个小颗粒,颗粒上方顶端是绿色,加溴酚兰后偶见发黄。
  • cj_mondy (2014-4-19 17:37:28)

    QUOTE:

    原帖由 greenbee 于 2014-4-19 17:36 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')

    我的蛋白也是用TCA沉淀的,如果TCA未除干净,溶液是偏绿的颜色,黄黄的我倒没遇见,可能是你TCA残留太多了吧.
    没做过双向,但是TCA不除净肯定对电泳有影响的,主要是拖尾,拖的厉害的时候会拱起个小峰,
    至于加NAOH调PH,我 ...
    我每次用TCA-丙酮沉淀后,再用丙酮洗涤三次,有次还洗了5次呢,可是还是一加到溴酚蓝里面就变黄,我怕洗多了蛋白质损失厉害。
  • 逗号是句号 (2014-4-19 17:37:46)


    是啊,我刚开始做的时候,也是洗4,5次,颜色还是偏绿的,
    你每次洗的时候要将沉淀块打的很碎啊,然后冰上静置几分钟,等末末都沉下去了,再离心,再打碎洗,
    如果你简简单单的把大块沉淀冲一下,当然洗不干净了,
    而且打碎还有个好处,就是沉淀后蛋白更好溶,
    我现在加了buffer溶解,颜色都很好的,
  • cj_mondy (2014-4-19 17:38:13)

    我刚刚又重新用丙酮洗了。我把丙酮加进去,然后用枪头把沉淀打碎,可是不管我怎么弄,那些沉淀就是分不开啊,更不用说有你说的那种末末了。那沉淀还可以拔出丝来呢。
  • 逗号是句号 (2014-4-19 17:38:36)

    呵呵 不可能.
    是细胞蛋白么?
    你用刮子刮皿的 时候,就轻轻将它弄碎,
    洗的时候用枪头捣,吹当然吹不散了, 多捣几次,使劲捣,就会碎的
    放心去做吧,
  • cj_mondy (2014-4-19 17:39:03)

    QUOTE:

    原帖由 逗号是句号 于 2014-4-19 17:38 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
    呵呵 不可能.
    是细胞蛋白么?
    你用刮子刮皿的 时候,就轻轻将它弄碎,
    洗的时候用枪头捣,吹当然吹不散了, 多捣几次,使劲捣,就会碎的
    放心去做吧,
    歇息恩您的帮助!蛋白质加了水化液和溴酚蓝后呈现了淡蓝色,但是离心后发现底部有比较多的沉淀,不知道是不是蛋白质没有溶解彻底。现在还在跑一向,明天就可以看出来结果了。
  • 逗号是句号 (2014-4-19 17:39:38)

    我不是做双向的,是用含尿素的缓冲液溶的,一般都室温溶解一个小时,
    是会有沉淀的,(最好放在室温离心,考虑4度下尿素可能沉淀析出)
    不过不用担心, 蛋白肯定溶了,
    要想溶解很彻底是不可能的饿,有一些蛋白特别是性质比较特殊如疏水性比较强的可能会丢失,
  • cj_mondy (2014-4-19 17:40:01)

    实验图出来了,这是我第三次跑双向,自我感觉还行,:)。水化以后看到好多沉淀,还忐忑不安了一晚,怕没有蛋白点出来呢;除盐的效果也不错,没搭盐桥,电压也上了8000,准时跑完,比头两次跑得好多了,呵呵。不过扫描仪效果不太好,明天去台好的机子上再扫一次。

    现在的问题是,要去哪里找PDquest图像分析软件呢?
  • utt0989 (2014-4-19 17:40:19)


    用百分之80的丙酮洗三次,每次30分钟,-20度.一般TCA都会洗掉.我就是这么做的.
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