【求助】Realtime PCR 扩增曲线峰值和斜率对于相对...

用Bio-Rad iQ5做的 Realtime pcr 扩增曲线如下图
  
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2013-7-24 21:52 上传
左边的6条是内参GAPDH,片段比较长500+bp;右侧6条是目的基因,片段210bp


疑问:
1、为什么各条曲线的峰值差异这么大,同样是内参,有的峰值不到1500,有的超过2000?

2、内参的峰值都比目的基因高,是不是因为内参片段比目的基因片段长很多的原因?


3、峰值高低、扩增曲线斜率对分析结果(相对定量)有什么意义?


360截图20130724180520332.jpg


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最新回复

  • nn255 (2014-10-27 17:55:22)


    你用taqman 还是sybr ,如果是taqman,应该是样本中内参多。如果是用taqman,做fam荧光会比其他荧光强很多,尤其是做双重。
  • 水母 (2014-10-27 17:55:41)

    QUOTE:

    原帖由 nn255 于 2014-10-27 17:55 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')

    你用taqman 还是sybr ,如果是taqman,应该是样本中内参多。如果是用taqman,做fam荧光会比其他荧光强很多,尤其是做双重。
    内参和目的基因都是用的SYBR,为什么内参峰值高低差别也很大?
  • zhy平平 (2014-10-27 17:56:01)

    其实峰值这研究意义不大,CT才反应出你的初始模板量,如果你内参模板加入的量是一样的话,你的内参管的反应肯定不稳定,ct偏差有点大。实验操作需要注意。
  • wu11998866 (2014-10-27 17:56:17)

    感觉不像一个基因呀。
  • 水母 (2014-10-27 17:56:42)

    QUOTE:

    原帖由 zhy平平 于 2014-10-27 17:56 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
    其实峰值这研究意义不大,CT才反应出你的初始模板量,如果你内参模板加入的量是一样的话,你的内参管的反应肯定不稳定,ct偏差有点大。实验操作需要注意。 ...

    内参模板都是1uL/管,但是不同样本的RNA浓度差异,有的3000+ng/uL,有的1000+ng/uL,逆转录的时候也都是按照1uL取的RNA,会不会造成了不同样本间cDNA浓度差异也大?不过操作过程也是容易导致误差的重要环节,哎。。。
  • 水母 (2014-10-27 17:57:04)

    QUOTE:

    原帖由 wu11998866 于 2014-10-27 17:56 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
    感觉不像一个基因呀。
    内参是一个(左边6条,峰值高的),目的基因是一个(右边6条,峰值低的)你指的不像一个基因是什么意思呢?
  • bgf5 (2014-10-27 17:57:23)


    定量关键看阈值以下那段,具体最后峰高多少没有太大的意义,图中内参峰低的CT值和峰高的CT值有明显差别吗?还有与之相对应的目的片段的CT值如何?是不是有相同的变化趋势?