RNA测浓度时为什么用Tris-HCL

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• 海鸥crazy (2011-8-24 14:52:12)

  我也想问这个问题，如果用DEPC水对RNA的OD值有什么影响？

• 羊咩咩 (2011-8-24 14:53:31)

  有人说用DEPC水会降低260/280比值

• 阿拉蕾 (2011-8-24 14:54:10)

  测RNA时都用水的，一般不用TrisHCl的，而DEPC对OD比值一般也没影响
  260是核酸的吸收峰，280是蛋白质最佳吸收峰，同时也是核酸峰值一半时的波长。
  所以当不含蛋白质时，260/280就是1.8-2.0,一旦有了蛋白质，该比值就变小了。
  关于OD值与RNA浓度换算，有公式的：
  (1)摩尔数与质量：
  1 μg 1,000bp DNA = 1.52 pmol
  1 μg pUC18/19 DNA (2,688bp) = 0.57 pmol
  1 μg pBR322 DNA (4,361bp) = 0.35 pmol
  1 μg SV40 DNA (5,243bp) = 0.29 pmol
  1 μg FX174 DNA (5,386bp) = 0.28 pmol
  1 μg M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 0.21 pmol
  1 μg l phage DNA (48,502bp) = 0.03 pmol
  
  1 pmol 1,000bp DNA = 0.66 μg
  1 pmol pUC18/19 DNA (2,688bp) = 1.77 μg
  1 pmol pBR322 DNA (4,361bp) = 2.88 μg
  1 pmol SV40 DNA (5,243bp) = 3.46 μg
  1 pmol FX174 DNA (5,386bp) = 3.54 μg
  1 pmol M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 4.78 μg
  1 pmol l phage DNA (48,502bp) = 32.01 μg
  
  (2)光吸收值与浓度：
  1 OD260 dsDNA = 50 μg/ml = 0.15 mmol/L
  1 OD260 ssDNA = 33 μg/ml = 0.10 mmol/L
  1 OD260 ssRNA = 40 μg/ml = 0.12 mmol/L
  1 mmol/L dsDNA = 6.7 OD260
  1 mmol/L ssDNA = 10.0 OD260
  1 mmol/L ssRNA = 8.3 OD260
  
  (3)分子量：
  1个脱氧核糖核酸碱基的平均分子量为333 Daltons
  1个核糖核酸碱基的平均分子量为340 Daltons
  
  (4)核酸末端浓度：
  环状DNA
  pmol ends = pmol DNA × number of cuts ×2
  线性DNA
  pmol ends = pmol DNA ×(number of cuts ×2 + 2)
  
  1 μg 1,000 bp DNA = 3.04 pmol ends
  1 μg pUC18/19 DNA (2,688 bp) = 1.14 pmol ends
  1 μg pBR322 DNA (4,361 bp) = 0.7 pmol ends
  1 μg SV40 DNA (5,243 bp) = 0.58 pmol ends
  1 μg FX174 DNA (5,386 bp) = 0.56 pmol ends
  1 μg M13mp18/19 DNA (7.250 bp) = 0.42 pmol ends
  1 μg l phage DNA (48,502 bp) = 0.06 pmol ends
  
  

• 阿拉蕾 (2011-8-24 14:54:32)

  2．核苷酸的换算：
  (1)分子量：
  MW (Da) = 333 × N (number of bases)
  
  (2)浓度：
  C (μmol/L or pmol/ml) = OD260 / (0.01 × N)
  C (ng/ml) = OD260´ MW / (0.01 × N)
  MW -- molecular weight
  N -- number of bases
  OD260 -- absorbance at 260 nm
  
  (3)双链DNA与寡核苷酸的熔点
  短于25bp的双链寡核苷酸
  Tm = 2 (A + T) + 4 (G + C)
  长于25bp的双链寡核苷酸
  Tm = 81.5 + 16.6 ( lg[J+] ) + 0.41 (%GC) - (600/N) - 0.63 (%formamide)
  N -- 引物的长度(以碱基数计算)
  J+ -- 单价阳离子浓度
  
  (4)DNA与表达蛋白之间分子量换算
  1 kb DNA = 333 amino acid ≈3.7 × 104 Da
  10,000 Da Protein ≈ 270 bp DNA
  30,000 Da Protein≈ 810 bp DNA
  50,000 Da Protein ≈2701 bp DNA
  100,000 Da Protein ≈ 27 kb DNA

• 椰子叶子 (2011-8-24 14:54:59)

  thank you very much

• wawa (2011-8-24 14:55:28)

  但是，我们测的结果是用DEPC处理的水后，OD260/OD280比值升高的。

• 蝴蝶结子 (2011-8-24 14:56:11)

  再求助个问题，RNA质检里的Tris-HCL缓冲液浓度怎样，又是如何配置的呢?