【求助】如图，质谱分析结果

最新回复

• xiaoxiaoai (2015-10-14 12:31:44)

  你这是用什么型号做的呢？偏差这么大，好不好定结构哦？最好用超高分辨质谱做一下，把误差缩小了，再来比对搜索，才比较好吧？

• 大花猫bb (2015-10-14 12:32:16)

  诶，这个是文献中看到的一张结果图，用的MALDI-TOF跑的，就不太懂旁边括号的意思，因为我们需要肽段

• 886爱 (2015-10-14 12:32:47)

  是不是N端（氨基端）和C端（羧基端）？不好意思，不能肯定哦。

• 哈密瓜 (2015-10-14 12:33:17)

  有可能哦，俺也不太懂，俺怀疑要么表示其两端
  要么可能是不确定到底是哪个氨基酸，所以打了个括号
  你认为哪种可能性比较大啊

• 886爱 (2015-10-14 12:33:49)

  K与L还是相差比较大的。因此，应该不是指不确定。C/N基也不需要两个都表示出来。可能是指下一个基团可能要连接的。一般是用小数点吧。

• xiaoxiaoai (2015-10-14 12:34:19)

  括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
  这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧？不知道lz有没有注意到，前面一个括号里的氨基酸都是R和K，而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是R和K，就是trypsin的酶切位点。
  frgmentaion里面对应的就是该断多肽在该蛋白上的位置，把这个排一排，还可以大概知道这个PMF的序列覆盖度。

• zouyou (2015-10-14 12:34:52)

  是的，之前也有这种猜测，但是不确定，后面比对了前后序列之后，可以确定了，CPN同学貌似对这方面很懂啊，之前俺没有做过相关方面的

• dadaai (2015-10-14 12:35:25)

  括号是前后的一个氨基酸，其实主要是看是不是trypsin有没有miss cleavage
  最后一列是氨基酸上的modification 1Met是Methionine上有oxidation这个是经常有的无所谓。最后一个1 PO4是磷酸化，但你没做MS2无法确定是哪一个，一般来说是T threonine上面

• 青青草 (2015-10-14 12:35:56)

  这是一般的trypsin digestion 之后的分析吧，不在括号里的是peptides sequence。两个括号是指前后的氨基酸残基，trypsin一般就切K和R后，所以前一个括号里不是K就是R，后一个括号之前的不是K就是R.

• aaby (2015-10-14 12:36:29)

  括号里就是该肽段前后的氨基酸，不过这个误差怎么这么大，能确定序列吗？请问楼主的实验室能做质谱分析蛋白质吗？我们这里有蛋白样品需要送样检测，呵呵，联系了好几个地方都只能做小分子

• PP熊 (2015-10-14 12:37:13)

  毕业了 也还在学校 联系了几家 有的做不了蛋白质 有个可以做的可是收费忒高了...