怎样知道目的基因引物和内参引物是否有二聚体?

最新回复

• 幸福无罪 (2011-9-24 13:07:35)

  你做一下空白对照，用你的反应体系，不加DNA，如果有扩增，那就有二聚体。

• 牙牙 (2011-9-24 13:08:13)

  你做一下空白对照，用你的反应体系，不加DNA，如果有扩增，那就有二聚体。
  
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  我也想知道，但对你说的不还没有明白，请你详细点解释一下，好吗？谢谢！

• 幸福无罪 (2011-9-24 13:08:53)

  所谓引物二聚体就是引物自己之间形成的扩增产物。如果引物之间易形成二聚体，在没有DNA模板的情况下做PCR也会有扩增产物出现。所以做空白对照，不加任何DNA，在反应体系中除去DNA模板，只加两种引物可以很明显的看出有没有二聚体的形成。通常做PCR都应该有一个以上的空白对照样。检查假阳性。

• tears (2011-9-24 13:09:29)

  两条引物之间是否可以形成引物二聚体，可以用引物设计软件 primer premier来分析，将上游引物以正向输入，将下游引物以反向互补的形式输入，如果引物的长度不够25个，则可以以任意字母补足25个，将这样的序列当作一段基因序列来设计出引物，所得到的一对引物经修饰去除后正好就是你的引物，同时也就得到了有关这对引物的信息，包括发卡结构、二聚体、Tm值等等。根据这一分析的结果，大部分引物之间都会出现二聚体结构。不过根据本人的大量经验，引物二聚体对实验的结果影响并不大，即使你发现有二聚体，也不必过于担心，摸好实验条件，一般都可以得到满意结果。  

• 阿拉蕾 (2011-9-24 13:10:01)

  primer premier 5和oligo 6是被公认的引物设计的一对黄金组合。primer premier 5具有很强的引物搜索功能，设定好参数后，很快就能给出按打分高低排序搜索结果，但它对各引物的评价比较模糊，对于不同需求的引物，可能对各参数的阈值要求是不同的，它没法完成这一点分析。而oligo 6则具有很好的评价功能，正好弥补了PRIMER PREMIER 5的缺陷。当然，oligo 6的搜索能力又不如前者了。如果已知引物序列，却不知模板，这是，用OLIGO 6就能很好地分析该引物的性质，包括Tm,hairpin,dimer,flase priming等等，并且给出了自由能值。下面分别是本站中可以获得的primer premier 5和oligo 6 的下载：
  cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=26808&sty=1&tpg=70&age=0')
  cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=242273&sty=3&keywords=oligo+6')

• 阿拉蕾 (2011-9-24 13:10:21)

  另说明：如果需要primer premier 5 和oligo 6 的使用说明，我可以奉送。

• caihong (2011-9-24 13:11:05)

  The original web site of Primer Premier for Quick Slideshow and Multimedia Tutorial.
  cuturl('http://www.premierbiosoft.com/primerdesign/index.html')  

• caihong (2011-9-24 13:11:05)

  The original web site of Primer Premier for Quick Slideshow and Multimedia Tutorial.
  cuturl('http://www.premierbiosoft.com/primerdesign/index.html')