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为什么扩不出来呢?
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发表于: 2011-9-27 15:41 作者: wu11998866 来源: 分析测试百科网
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为什么扩不出来呢?
为什么扩不出来呢?
引物29bp,其中20bp配对,其他9bp为酶切位点和保护碱基。基因组DNA为模板。目的片段1.7K。GC含量较高。试过各种温度和加Mg+情况。目的条带不明显,杂带多且明显。请教高手指教。
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为什么扩不出来呢?
我也来说两句
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韩梅梅
(2011-9-27 15:41:53)
1.重新设计因物,延长配对碱基数----->25bp
2.使用高gc扩增kit(takara)
3.优化pcr条件(提高温度)
韩梅梅
(2011-9-27 15:42:15)
G+C含量高时如何处理PCR
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PCR扩增长片段且富含GC的方法
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冰激凌小姐
(2011-9-27 15:42:42)
我们遇到这种情况,一般用nest PCR或做二次PCR。另外,要检测你的模板和试剂的质量,最简单的方法是用以前扩出来的引物验证。
DDD
(2011-9-27 15:43:27)
如果你做了好多PCR,结果还是一样的话,我建议你重新设计引物,或换酶:用宝生物LA酶!!!
DDD
(2011-9-27 15:43:27)
如果你做了好多PCR,结果还是一样的话,我建议你重新设计引物,或换酶:用宝生物LA酶!!!
guagua
(2011-9-27 15:43:48)
我觉得可以重新设计引物,最好引物都匹配,可以用oligo设计引物,我们实验室都是用这个软件设计引物,效果都很好。至于加酶切位点可以等你P出来以后从克隆载体上P。
wu11998866
(2011-9-27 15:44:35)
不换引物能有更好的办法吗?
王六六
(2011-9-27 15:45:32)
提高退火温度。尽量得到比较集中和清晰的带。切下你认为比较合理的带,然后加入50ul水,再用巢式引物扩增。
或者是把你的pcr产物趣1ul稀释50倍,再作巢式。
8黑眼圈8
(2011-9-27 15:46:00)
可以试一下这样:
先算匹配的20bp的退火温度。用这个温度拉5-6个循环。
然后剩下的循环用29bp的退火温度做。
fangxiang
(2011-9-27 15:46:23)
可以加一些PCR增强剂如DMSO(1-10%),甘油(5-10%)甲酰胺(1.25-10%),可明显改善.
阿拉蕾
(2011-9-27 15:47:04)
根据经验,我建议你调整一下引物的量,一般情况下大家都建议换引物,但其实大多数情况下引物都是用Oligo6或Premier5设计的,应该问题不是很大,我在做的过程中也遇到过这样的问题,目地带不亮,与之相邻的几条杂带很明显,或者是目地带和相近的杂带都很亮,这种时候调整一下引物的量,降低!会解决上面的问题,做PCR的时候不要被固定的体系所束缚,其实都是可变的,只要出来期望的结果!你不妨一试!
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韩梅梅 (2011-9-27 15:41:53)
2.使用高gc扩增kit(takara)
3.优化pcr条件(提高温度)
韩梅梅 (2011-9-27 15:42:15)
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PCR扩增长片段且富含GC的方法
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冰激凌小姐 (2011-9-27 15:42:42)
DDD (2011-9-27 15:43:27)
DDD (2011-9-27 15:43:27)
guagua (2011-9-27 15:43:48)
wu11998866 (2011-9-27 15:44:35)
王六六 (2011-9-27 15:45:32)
或者是把你的pcr产物趣1ul稀释50倍,再作巢式。
8黑眼圈8 (2011-9-27 15:46:00)
先算匹配的20bp的退火温度。用这个温度拉5-6个循环。
然后剩下的循环用29bp的退火温度做。
fangxiang (2011-9-27 15:46:23)
阿拉蕾 (2011-9-27 15:47:04)
为什么扩不出来呢?