【求助】我想用perl画个质谱图

最新回复

• yuanyuan (2015-12-16 15:13:51)

  第一，你会perl编程吗？
  第二，干嘛非要用perl画呢？

• 妮子@ (2015-12-16 15:14:12)

  同一楼上，LZ蛋疼，有个数据啥软件不能画？excel都行

• 大嘴猴 (2015-12-16 15:14:42)

  用matlab画吧！
  
  当然也可以用R语言画。貌似在perl中还能调用r吧，但是没有实践过~

• yayayu (2015-12-16 15:15:09)

  没用perl画过图，用R倒是很简单。

• malong (2015-12-16 15:16:01)

  我们PCR无论如何都P不出相应大小的PCR产物，杂带也很多，对产物测序，没有获得包含3段氨基酸序列的dna序列。
  请教大虾们了，我该怎么办？我想克隆这种未知蛋白的基因序列还有什么别的好方法？

• 8899 (2015-12-16 15:16:23)

  我提供一个方法，看看可不可行。
  
  1。由于该蛋白你已经分离纯化，故可以根据蛋白质的分子量估计它大概是由几个氨基酸组成的，进而得知编码它的DNA的长度大概是多少bp。（假设氨基酸有n个，由于3个碱基组成一个密码子，决定一个氨基酸，所以DNA就有3n个bp长度）
  
  2。枯草芽孢杆菌的全基因组已经测序了，把你的已知3段小肽的序列拿去做blast比对。NCBI除了可以做DNA与DNA之间的比对，还有提供蛋白质与DNA之间的比对。
  
  3。比对出来的结果可能比较多，这时，如果某个比对结果的情况是：你的3个小肽序列都在一个长度为3n的某DNA序列的范围内，即3个小肽序列之间的间隔不超过3n个bp长度，那么，这个3n个bp长度的DNA序列可能就是你的目的序列。
  
  4。对这个序列做一下分析，用PCR把它克隆出来，表达，分析是否具有生物活性。

• 跳跳哈里 (2015-12-16 15:16:45)

  感谢Asonlopin的回复，俺开心死了！安你的提示我做了，可是什么也没有比出来，呵呵！不幸！难道是我分离的蛋白不对？还能有什么情况发生？

• 大花猫bb (2015-12-16 15:17:10)

  到这个网页试试，NCBI的Genome blast，往下拉这个网页，选中枯草芽孢杆菌，再回到页首，输入序列试试。注意protein和DNA之间的序列转换（有个选项）
  
  或者试试tblastn，输入蛋白质序列，NCBI会自动转换成DNA序列比对