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[求助]偷了我的目的基因?
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我目前在做NB4细胞株中一条750bp基因的RT-PCR,为二步法,以241bp B-actin为PCR的内参照,原先多次用我的PROTOCOL作的效果都非常好,750bp处的目的基因,240bp处B-actin的条带均很清晰。但上周我重作时发现240bp处的B-actin阳性,但750bp目的基因处为阴性。换了750bp基因的上下游引物(与原先引物相同,但有酶切位点,是为基因重组准备的),再从RNA抽提起重做RT-PCR,B-actin仍好的,但750bp的目的基因处仍为阴性。考虑细胞株坏了,问别人要NB4细胞株后重做,问题仍然存在。换了另一种RT-PCR试剂盒,问题依然!还有每次做RT前我都会跑电泳,18s,28s都很好。该基因在NB4细胞株肯定是表达的。试剂盒是TAKARA的。
请问我该咋办?
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最新回复
@花开花落@ (2011-10-08 16:50:41)
大虾米 (2011-10-08 16:51:00)
克隆鱼 (2011-10-08 16:51:26)
春雨 (2011-10-08 16:52:04)
还有引物的反复冻融问题要引起重视,用前可以考虑分装。
蛐蛐儿 (2011-10-08 16:53:01)
RT-PCR的试剂盒是TAKARA的mRNA Selective PCR Kit Ver. 1.1。说明可参见
http://www.takara.com.cn/product/2004/e/e-21fh11001.html
具体步骤如下
RT:
RNA模板预先70度10min变性,立即置于冰上5min。
加样:
2*mRNA Selective PCR Buffer2 25UL
25mM MgCl2 10ul
10mM dNTP 5ul
RNase inhabit 1ul
AMV RTase XL 1ul
50uM Oligo dT primer 1ul
RNA模板 6ug
RNase free water 1ul
总体系50ul,瞬时离心后30度10min,50度30min,5度5min进行反转录。
PCR:
2*mRNA Selective PCR Buffer2 20UL
25mM MgCl2 8ul
10mM dNTP 4ul
AMV OPTIMIZED Tag酶 1ul
目的基因上、下游引物 各1ul
b-actin上、下游引物 各0.5ul
cDNA 5ul
灭菌水 9ul
总体系50ul,瞬时离心后85度5min变性,进行35个循环,循环条件:85度45秒,55度45秒,72度90秒。72度延伸7min后结束。
嘉年华 (2011-10-08 16:53:32)
1、我看了你的反应体系,感觉Mg离子的浓度偏大,dNTP量多一点,关系不是太大,但是最适Mg离子浓度需要摸索;
2、变性通常选择90度以上,我们实验室习惯用94或95度,我不知道你选择85度是不是有特殊要求;
3、如果你是做半定量的话,两种引物的摩尔数应该是相同的,否则没有可比性。
柠檬籽 (2011-10-08 16:53:56)
2。“如果你是做半定量的话,两种引物的摩尔数应该是相同的,否则没有可比性”言之有理,之所以不同是因为前面的同事是这么做的,为了保持一致。
还有你推荐做预变性,我知道了,这就查一下这方面的知识。
tieshazhang (2011-10-08 16:54:21)
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