【求助】dgge最后一次分离切胶后用不带GC夹子引物...

又来请教大家了。如题还是PCR扩增不出,之前用于做DGGE的pcr用B968F-GC和B1401R效果很好,长度不到500bp,现在切完胶要测序了,用B968F扩不出来了,它与B968F-GC的序列是一样的啊,为什么出不来呢?????
我试了做引物浓度梯度,模板浓度梯度,退火温度梯度,降落PCR也试过了,都不行,不带GC夹的引物几乎都扩出来了!!
今天用DNA模板做不带GC夹子引物的扩增也出不来,我就搞不明白了,引物序列是一样的,怎么这就结合不上去了!!
大家快帮我分析分析吧~~~~或者给我推荐几篇文献也好!跪谢啊!!!!

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最新回复

  • wanglaoshi (2016-2-16 22:09:54)

    这个我也遇到过,还有可能就是模板浓度不够。另外你可以做一个二次PCR!
  • jiushikeshui371 (2016-2-16 22:10:16)

    请问你的胶是用什么方法染色的?切下来的胶是怎么处理的呢?这些都比较关键。
  • 不请自来 (2016-2-16 22:11:07)

    gelred染色半小时,切胶后加双蒸水50ul微震荡十来分钟,放冰箱。。
    问题是提取的DNA模板也不能用不带GC的引物扩增,只要换引物就残疾
  • sunbent (2016-2-16 22:11:21)

    试一试MIX吧,可能模板中含有酶抑制剂。
  • 不请自来 (2016-2-16 22:17:57)

    QUOTE:

    原帖由 sunbent 于 2016-2-16 22:11 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
    试一试MIX吧,可能模板中含有酶抑制剂。
    天根的热启动mix了,如果有抑制剂,怎么带GC的能P出很亮很亮的目的条带呢
  • yyaxw84 (2016-2-16 22:18:22)

    用这个引物扩增一下纯菌的dna试试。按这个描述可有可能是引物出现问题了,换新的引物试试。
  • 不请自来 (2016-2-16 22:18:47)

    QUOTE:

    原帖由 wanglaoshi 于 2016-2-16 22:09 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
    这个我也遇到过,还有可能就是模板浓度不够。另外你可以做一个二次PCR!
    就是用第一次的PCR结果为模板再做一次条件和体系都相同的PCR?这个我试试
  • 不请自来 (2016-2-16 22:19:13)

    QUOTE:

    原帖由 yyaxw84 于 2016-2-16 22:18 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
    用这个引物扩增一下纯菌的dna试试。按这个描述可有可能是引物出现问题了,换新的引物试试。
    还没做过纯菌的呢
  • seagate (2016-2-16 22:19:36)

    就是用第一次的PCR结果为模板再做一次条件和体系都相同的PCR?这个我试试...

    你查查二次PCR的体系吧,网上有,另外,程序的话退火10个就够了!散金啊(*^^*)
  • seagate (2016-2-16 22:19:53)

    还没做过纯菌的呢...

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    嗯,怀疑这个不带GC夹子的引物有问题,建议用纯菌试试,或是干脆更换新的引物,别忘了阳性对照
  • chengjie79 (2016-2-16 22:20:10)

    个人感觉有核酸染料就不好扩增了,我是用的银染法。
  • 不请自来 (2016-2-16 22:20:33)

    嗯,怀疑这个不带GC夹子的引物有问题,建议用纯菌试试,或是干脆更换新的引物,别忘了阳性对照...

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    确实是引物的问题,谢谢啦,问题已经解决了
  • 不请自来 (2016-2-16 22:20:57)

    个人感觉有核酸染料就不好扩增了,我是用的银染法。

    =====================================================

    谢谢啦,是正反引物浓度不对称导致,还是谢谢啦!祝你实验顺利!
  • 不请自来 (2016-2-16 22:21:20)

    试一试MIX吧,可能模板中含有酶抑制剂。

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    谢谢,问题已经解决,是引物的问题呢
  • #甜# (2016-2-16 22:21:43)

    谢谢啦,是正反引物浓度不对称导致,还是谢谢啦!祝你实验顺利!...

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    这样啊,那我以后用到的时候,也应该注意一下了
  • mybioon (2016-2-16 22:22:15)

    gelred染色半小时,切胶后加双蒸水50ul微震荡十来分钟,放冰箱。。
    问题是提取的DNA模板也不能用不带GC的引物扩增,只要换引物就残疾...

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    找到问题了吗?
    建议:连扩两次;或者引物也可能有问题;再者有无GC,P的条件也是要适当变化的,有调整吗?
  • redbutterfly (2016-2-16 22:22:33)

    你好  什么叫正反引物浓度不对称?我最近做DGGE割胶回收 pcr老是条带弥漫