[求助]各位专家,请过来看看,我没法解决这个问题了

[求助]各位专家,请过来看看,我没法解决这个问题了


各位大侠!我都快郁闷死了,我的PCR扩增总是不稳定,同样一个标本做复管,同时放进PCR仪中扩增,可结果不同,一管阳性,另一管却为阴性!像这样的结果做过很多次了。曾经考虑过是PCR仪器的问题,可好像不是。别人都说是我的扩增系统不稳定,可我真的不知道该怎么做了。我已经降低了退火温度,镁离子浓度也已经提高了,我还应该怎么办?请各位支个招吧!!! 救救我吧!
我的nested PCR扩增是这样的:
第一轮:
10×buffer 5ul
MgCl2 5ul (终浓度:2.5mM)
dNTPs 1ul (终浓度:0.2mM)
Primer1 1.6ul (终浓度:0.4mM)
Primer2 1.6ul (终浓度:0.4mM)
Taq酶 2U
模板用的是2ug
第一轮扩增循环是:95度预变性5分钟,94度1分钟、54度1分钟、72度1分 钟,共30个循环,最后一个循环延伸时间为8分钟。

第二轮:
10×buffer 2.5ul
MgCl2 2.5ul (终浓度:2.5mM)
dNTPs 0.5ul (终浓度:0.2mM)
Primer3 1ul (终浓度:1mM)
Primer4 1ul (终浓度:1mM)
Taq酶 1U
第二轮扩增时模板用的是第一轮扩增产1ul。
第二轮扩增循环是: 94度1分钟、60度1分钟、72度1分钟,共30个循环,最后一个循环延伸时间为8分钟。

我也来说两句 查看全部回复

最新回复

  • =菓子= (2011-10-19 15:02:09)

    主要是因为你加样量不准确导致的
    做个体系标准管后,再分装到各个EP管中可以消除加样不准的问题.
  • (cat) (2011-10-19 15:02:34)

    没有看出什么大问题啊,你的目的片段多长?以你的退火时间看,应该不会超过1kb吧。

    几点小建议:
    1. 我们作nest-PCR时,都是习惯将第一轮扩增产物取出2ul,稀释20倍,
    然后在第二轮中加1ul使用。我觉得你直接用1ul,量太多,有时模板太多也会抑制扩增的;
    2. 扩增不佳时,Taq的用量可以增加一下,比如,50ul体系用Taq 2.5U
    3. 你的第二轮中引物浓度以及退火温度是否有点高呢?

    good luck!  
  • bs4665 (2011-10-19 15:03:12)

    我的电泳中从左至右,泳道分别为1、2、3、4、5、6,其中1号和2号是同一标本,3号和4号是同一标本,5号和6号是同一标本,奇怪的是2号和4号有阳性条带,而相对应的1号和3号却没有!我现在扩增一直碰到这样的现象。如果楼上战友所说的是我第二轮加样时直接加1ul量太多,但我不明白的是为什么同一标本的两个管有的能扩出来,而有的却不能?另外,我可以排除个人加样的原因,因为我曾用同一标本做了4个复管,同时扩增,结果是2阳性,2阴性。
  • bs4665 (2011-10-19 15:05:29)

    刚用第一轮扩增产物稀释后再次扩增第二轮,结果还是一样,估计不是因为我没有稀释就直接将第一轮扩增产物1ul作为第二轮扩增的模板造成我的不稳定的原因。同时我的第二轮退火温度也降到54度了。可还是不行。
    各位专家,请帮帮忙吧!我真的不知道该怎么办了!
  • 菠萝菠萝蜜 (2011-10-19 15:05:56)

    是不是可以请别人帮你做一下同样的PCR操作,如果别人做出来的是稳定的话那就是你操作哪里有问题了,可能你自己没意识到,不好意思个人意见。
  • mamamiya (2011-10-19 15:06:23)

    是不是可以请别人帮你做一下同样的PCR操作,如果别人做出来的是稳定的话那就是你操作哪里有问题了,可能你自己没意识到,不好意思个人意见。
  • 韩梅梅 (2011-10-19 15:06:47)

    第二轮摸板浓度太高了,建议稀释10-20倍
  • smile_smile (2011-10-19 15:07:23)

    我认为可能还是你个人操作上的问题,最好不要微量加样,不然会造成反应体系是各组份误差太大,应该先稀释或配成混合液,减少不同样本间的误差。
  • 不懂 (2011-10-19 15:08:15)

    什么时间加酶?因为你有个95度的预变性,是否在这之后?什么方式?我以前的操作在这一步出现过问题
  • bs4665 (2011-10-19 15:09:09)

    我在95度预变性前加的,在配PCR mix时一起加到体系里面去了,同一标本做的复管,有的可以出来,有的出不来。也有试过用hot-start,预变性后加酶,同样没有效果。yu郁闷ing!