最新更新主题

月度关注热点

【求助】有关质谱查询

字体: 小 中 大 | 打印 发表于: 2014-6-04 16:31    作者: birdfish    来源: 分析测试百科网

查看完整版本请点击这里：
【求助】有关质谱查询

请问用ProteinProspector数据库搜索时参数应该怎样设定？我在固定修饰（Cys Modified by)选不同的选项搜索出来的结果不一样，我该如何选择？
另外，请问Mascot 和ProteinProspector，哪个数据库搜索的结果准确一些？
急，请各位战友帮忙解答一下，谢谢！
查看完整版本请点击这里：
【求助】有关质谱查询

我也来说两句 查看全部回复

最新回复

  • zwsyrt (2014-6-04 16:31:25)


    建议固定修饰不要填,因为任何反应不是100%,可以都填在可变的修饰里面的,在固定修饰里面填写不同的修饰,搜索的结果可能是不一样的,至于如何填,就要看你实验过程中有哪些修饰.我一般用mascot,proteinProspector我不了解

  • birdfish (2014-6-04 16:31:43)


    谢谢！请问您在可变修饰里一般选的哪几项？是依据什么来选的？选项carbamidomethylCoffee，Pyro_glu(N-term Q)是什么意思？我对这方面一窍不通，能否麻烦您讲的详细点？再次感谢了。

  • zwsyrt (2014-6-04 16:32:01)


    我用的一般是Carbamidomethyl (C)和Oxidation (M)这两个,因为在双向电泳中我们用到了碘乙酰胺,所以氨基酸c被修饰了,而且在电泳过程中氨基酸M很容易被氧化,但这两种修饰又不是100%被修饰的,所以我们只在可变的修饰里面选这两项.

  • birdfish (2014-6-04 16:32:20)

    谢谢！还请教一个问题：在双向电泳过程中Cysteine Modification是如何修饰的？与胰酶关系大不大

  • zwsyrt (2014-6-04 16:34:34)

    双向中首先,-s-s-被DTT还原,然后平衡时被碘乙酰胺碘乙酰化.在酶解时候,有些人会加入还原与碘乙酰化,但也可以不用.与trypsine无关

  • birdfish (2014-6-04 16:34:59)


    那是不是说Cysteine Modification是Carbamidomethyl (C)，不是carboxymethylation（c)

  • zwsyrt (2014-6-04 16:35:16)


    对的,一般选Carbamidomethyl (C)和Oxidation (M)就行了

  • birdfish (2014-6-04 16:35:46)


    我能问一下，检索出的结果，如果有绿色斜影，那么在斜影以外的值是可信的，但是没有绿色斜影呢
    还有检索出的蛋白功能去哪里查呢
    谢谢！
查看全部回复 我也来说两句
查看完整回复请点击这里：
【求助】有关质谱查询