【求助】AFLP-貌似预扩增正常，选扩产物从加样孔开始弥散

字体: 小中大 | 打印发表于: 2015-1-13 16:57 作者: kulee 来源: 分析测试百科网

左边为预扩，右边为选扩）
最近在做鱼类的AFLP，做到预扩增都比较正常，可是选扩结果如图（从加样孔开始弥散），我筛选几十对选扩引物都是如此，求解！

join (2015-1-13 16:57:25)

是不是降解了啊
kulee (2015-1-13 16:57:42)

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原帖由 join 于 2015-1-13 16:57 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')

是不是降解了啊
不知道你说的是DNA降解还是选扩产物降解？首先，我确定DNA质量很好，其次选扩产物是PCR跑完马上电泳，不存在降解问题！
join (2015-1-13 16:58:04)

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原帖由 kulee 于 2015-1-13 16:57 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')

不知道你说的是DNA降解还是选扩产物降解？首先，我确定DNA质量很好，其次选扩产物是PCR跑完马上电泳，不存在降解问题！
会不会是引物特异性太差，扩出了多种片段，另外也不能排除胶的问题呀
mamamiya (2015-1-13 16:58:26)

你酶切什么条件
kulee (2015-1-13 16:58:43)

问题已解决，原因是连接酶BUFFER里面的ATP降解了，接头连接不好，导致选扩片段偏大。以下是64对引物筛选图
kulee (2015-1-13 16:59:09)

不知道为什么，我用的是50bp marker，本来是有13条带的，可是变性以后marker变成18条带了？？？？不明白！
vvmmoy (2015-1-13 16:59:32)

不知道你的操作过程是怎样的？能否发过来我看看？
chuntian1983 (2015-1-13 16:59:58)

楼主选扩从900bp到300bp弥散做了好几遍了请问碰到过没？选扩有东西就说明之前酶切连接没问题可以这样理解么？最近甚是苦恼