【求助】请大家帮忙看看怎样来优化pcr体系

最近要做DNA回收~一直在做体系的优化~想减少一些杂带和引物二聚体~
这是今天我做的pcr电泳图
大致信息如下:
mark:D2000
3种引物都是简并引物
DNA模板相同
退火温度是筛选过的
体系都是:50ul
MIX:25ul
primer1:2.5ul
primer2:  2.5ul
ddH2O:  17.5ul
teaplate:  2.5ul

上左图:PCR扩怎程序大致为:
94℃——5min
·························
94℃——40s
60℃——40s            ×35循环
72℃——1.5min
··························
72℃——10min

上右图:PCR扩怎程序大致为:
94℃——5min
·························
94℃——40s
55℃——40s            ×35循环
72℃——1.5min
··························
72℃——5min

下图:PCR扩怎程序大致为:
94℃——5min
·························
94℃——40s
60℃——40s            ×35循环
72℃——1.5min
··························
72℃——10min

之前做过10ul体系 效果还可以 杂带和引物二聚体都很少
体系:5ul
MIX:0.5ul
primer1:0.5ul
primer2:  0.5ul
ddH2O:   3.5ul
teaplate:  0.5ul

要回收DNA~所以我把体系加到50ul~其实就是将10ul体系乘以5 结果 出现了很多杂带和引物二聚体 我要怎么调整 体系或者是pcr过程来减少杂带和引物二聚体 而使我要的DNA片段比较亮?请各位高手指点一下!O(∩_∩)O谢谢


在在 2012-05-04 16hr 29min.GIF


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最新回复

  • one (2015-3-11 16:24:01)


    有没有试过加BSA或者提高退火温度
    或者进行2次PCR,得到的条带应该会比较纯
  • 轰轰 (2015-3-11 16:24:17)

    或者是加一点DMSO,非特异的带就少很多》
  • eor (2015-3-11 16:24:33)


    体系虽然加倍,但并不是所有的试剂加倍就行,引物没必要加倍,不然二聚体现象会严重。模版浓度是多少?
  • lgm (2015-3-11 16:24:50)

    减少引物和模板量,提高退火温度,要是用Taq酶在退火温度为52以上时加入1.35微升每十微升体系会更好  KOD酶就不用加了   一般胶回收的话用KOD做比较好  保真性高
  • yapuyapu (2015-3-11 16:25:07)

    直接切胶回收就可以呀,杂带没有影响的
  • jingling845 (2015-3-11 16:25:22)


    降低体系中的Mg离子浓度
  • 土壤 (2015-3-11 16:25:54)

    学习学习!
    来个巢式PCR吧!
  • TAT (2015-3-11 16:26:10)


    用spss做个多因素的正交设计,全面优化条件
  • daod (2015-3-11 16:26:29)

    适当的减少引物的浓度,稍微提高退火温度试试
  • 66小飞侠 (2015-3-11 16:26:45)

    条带很亮 没问题 直接回收就行
  • 66小飞侠 (2015-3-11 16:27:03)

    或者是加一点DMSO,非特异的带就少很多》

    ============================

    DMSO可以起什么作用   量要加多少
  • ququer787 (2015-3-11 16:27:22)

    那你就做10ul体系的呗,做5个相同的,也不是50ul吗,再说了,就算50ul的,你切胶薄点切,杂带不影响吗,你的最下面也有带,你说是引物二具体,切胶更切不到那个地方了
  • kuaizige (2015-3-11 16:27:37)

    你的目的条带多大?如果是1kb  ,把延伸时间改为30S,降低循环数为30个,引物终浓度为10uM就可以了   ;
    如果是1.5kb ,那就把延伸时间改为1min30s,循环数30,引物终浓度为10uM;
    做一次试试看
    DMSO的加入是特异性更强,终浓度为4-6%的样子就可以了
  • duoduo (2015-3-11 16:27:59)

    有没有试过加BSA或者提高退火温度
    或者进行2次PCR,得到的条带应该会比较纯

    ==============================================

    请问一下,BSA或DMSO在25微升体系中大概加多少量?谢谢
  • PCR (2015-3-11 16:28:21)

    QUOTE:

    原帖由 duoduo 于 2015-3-11 16:27 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
    有没有试过加BSA或者提高退火温度
    或者进行2次PCR,得到的条带应该会比较纯

    ==============================================

    请问一下,BSA或DMSO在25微升体系中大概加多少量?谢谢 ...
    我一般加BSA,我加的BSA的量跟引物的量一样。DMSO要自己摸索,不同的量对PCR的扩增有不同的作用。