【求助】请教如何使用blast？

最新回复

• IAM007 (2015-12-31 11:23:48)

  
  进入ncbi主页进入blast页面：

  
  42385423.snap.jpg

• IAM007 (2015-12-31 11:24:09)

  
  接着点击“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ”选项，进入核酸blast界面:
  

  
  44834848.jpg

• IAM007 (2015-12-31 11:24:30)

  
  在“search”框内粘帖你要比对的序列，然后按“BLAST!“ 键，进入 Formating BLAST 页面：

  
  75707828.snap.jpg

• IAM007 (2015-12-31 11:24:47)

  
  点击” Format “ 按键，进入” reaults of BLAST " 页面，这是Blast的等待画面，过几秒终就会出现检索结果的页面。

  
  33096326.jpg

• IAM007 (2015-12-31 11:25:04)

  这就是比对结果页面，因为很长，所以只帖出了上面一小部分，会了么？
  另外，这是对人的核酸序列进行比对，对蛋白或这动物的序列进行比对，在我发的第一个图片的页面里面选择不同的比对程序就可以了！

  
  73093998.snap.jpg

• JK.jon (2015-12-31 11:25:35)

  
  谢谢，虽然经常用，还是又学习了一遍。
  能帮助解释一下5个选项的细微区别吗？不好意思，借happy20041981cn
  的宝地，也问个（5个）问题。
  Discontiguous megablast
  Megablast
  Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)
  Search for short, nearly exact matches
  Search trace archives with megablast or discontiguous megablast

• IAM007 (2015-12-31 11:26:43)

  
  主要用来鉴定一段核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。
  Discontiguous MEGABLAST 和 Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ：两者都是侧重于用来比对序列同源性的，但是所用算法不同，所以Discontiguous MEGABLAST 的灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。
  Search for short nearly exact matches：主要用于引物片断和较短核酸序列的比对，设计引物的时候，常常会用到这个比对程序。
  Search trace archives with megablast or discontiguous megablast：用来查找别与比对序列相关的原始未加工序列信息，其数据库主要由全基因组鸟枪打靶，BAC 末端序列和 EST 序列构成。
  以上是俺对这几个比对程序的粗浅了解，可能有很多不对和不足的地方，请各位战友指正！

• feixi (2015-12-31 11:27:04)

  
  我想问问在结果里表里线条的不同颜色是不是代表不同的分？

• IAM007 (2015-12-31 11:27:24)

  QUOTE:

  原帖由 feixi 于 2015-12-31 11:27 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  
  我想问问在结果里表里线条的不同颜色是不是代表不同的分？

  那是代表与被比对序列匹配的片断的不同长度。